企业级IM和个人级IM，虽然在技术本质上是相近的，但在具体功能特点、界面呈现、信息安全及系统部署模式上有着很多的不同。
首先，在功能特点上，个人级IM是以满足个人的聊天、交友、娱乐及休闲等需求为中心，它的很多功能恰恰是企业所不喜欢的，甚至是反对的。企业把沟通视为工作，把沟通的内容、沟通中传递的文档视为知识。企业希望IM工具用来解决企业内部的工作沟通、信息传递、知识分享、知识管理等工作，而不是用来闲聊和娱乐。企业还希望IM工具能作为工作协作的一部分，能提高工作效率和方便业务处理，因此它还需要能与企业的管理信息系统具有集成性和交互性。
其次，在界面呈现上，个人级IM富有娱乐色彩，一般具有个性化的头像、个性化的签名、艳丽而多变的色彩，联系人的组织呈现比较随意；面向企业应用的，则通常需要严肃、简洁的界面风格，需要突出企业标识，联系人需要按正式的组织架构进行分组。
再次，在信息安全和系统部署模式上，个人级IM系统一般是集中式的模式，例如有统一的中心服务器，所有的用户（公众）都登录到一个中心服务器系统，然后通过这个服务器系统建立起点到点的连接，所有的信息存于公共服务器上。如此的结构下，没有信息安全可言，个人隐私和商业机密有较大的安全风险。因此，在面向个人应用的IM系统中，个人也很少提供真实信息。企业级IM，因为用于工作沟通，使用者必须提供真实的身份信息，系统传输的资料文档也通常都涉及企业的业务甚至是机密。所以保护个人隐私和公司商业信息的安全，是面向企业的即时通讯系统首先必须要考虑的。因此，这样的系统通常部署在企业自己的服务器上，员工通过登录到这个服务器，进行属于特定范围的工作沟通和交流。例如，企业可根据需要进行账号分配，员工离职后账号收回；文件、交流信息存储于自己的服务器上，根据权限浏览查询，避免遗失或泄漏；企业以外的人员，不能在线查询到系统内部用户的信息等。